La dirección de Kontseilua está integrada por un máximo de once socios elegidos en la asamblea general, y se encarga de definir, gestionar y ejecutar las líneas generales de trabajo acordadas por los socios.
Para garantizar una visión global tanto de territorios así como de ámbitos, la dirección suele estar compuesta por socios de diferentes territorios y sectores, así como de grandes y pequeñas asociaciones.
La dirección actual está compuesta por AEK, Berria, EHE, Elkar, EMUN, Euskal Herriko Ikastolen Elkartea, Euskal Konfederazioa, Euskaltzaleen Topagunea, y Errioxako eta Nafarroako IKA.